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Existen bastantes ejemplos  de aplicaciones  para quimica bajo Linux, algunas libres y otras no. Se podria empezar mencionando tablas periodicas electronicas como Kalzium o aplicaciones libres para dibujar estructuras moleculares com Chemtool o Xdrawchem, posiblemente no tan avanzadas como los programas comerciales diseñados para esta funcion , pero que resultan suficientes en muchos casos. Para visualizar moleculas en tres dimensiones en la pantalla , un programa muy logrado es Garlic o el veterano  OpenRasmol. Para cálculos teoricos disponemos de muchos programas pudiendose citar GAMESS ( hay 2 versiones, una libre y la otra no ). Bueno esto solo es una pequeña descripción de las aplicaciones que podemos encontrar para el uso de la Quimica en un entorno Linux,  el resto de aplicaciones que he encontrado lo detallo en el resumen de este Post, espero sea de tu ayuda.

• Tabla periódica: Programas que muestran la tabla periódica con muchos datos de cada elemento.
  • Kalzium (edu.kde.org/kalzium/, paquete kalzium): tabla periódica de KDE

  

  • GPeriodic (frantz.fi/software/gperiodic.php, paquete gperiodic): tabla periódica para GNOME.

    

• Modelado molecular: programas que pretenden simular, explicar o predecir la estructura tridimensional y las propiedades fisicoquímicas de las moléculas.
  
  • Ghemical (bioinformatics.org/ghemical, paquete ghemical): programa para ‘modelado molecular’ integrado con OpenBabel (conversor de formatos de archivo químicos).

    

  • Viewmol (viewmol.sourceforge.net, paquete viewmol): programa para ‘modelado molecular’.

    

  • Gabedit (gabedit.sourceforge.net, paquete gabedit): programa para ‘modelado molecular’ interfaz de MPQC (paquete mpqc), GAMESS-US, Gaussian, Molcas, Molpro y Q-Chem.

    

• Editor molecular: programas que permiten dibujar y editar estructuras químicas, en 2D/3D.
  • Xdrawchem (xdrawchem.sourceforge.net, paquete xdrawchem): ‘editor molecular 2D’ integrado con el conversor de archivos químicos OpenBabel. Permite descargar estructuras moleculares de Internet dando el nombre, la fórmula o el número CAS.

  

  • ChemTool (ruby.chemie.uni-freiburg.de/~martin/chemtool/, paquete chemtool): ‘editor molecular 2D’.

  

  • GChemPaint (nongnu.org/gchempaint/, paquete gchempaint): ‘editor molecular 2D’ para GNOME. Visualiza directamente en Ghemical.

  

  • EasyChem (easychem.sourceforge.net, paquete easychem): ‘editor molecular 2D’.

  

• Visualizador molecular: programas cuyo objetivo es la representación gráfica de una molécula y de sus propiedades.
  • PyMOL (pymol.sourceforge.net, paquete pymol): ‘visualizador molecular’ escrito en Python.

  

  • GDIS (gdis.sourceforge.net, paquete gdis): ‘visualizador molecular’.
    

  

  • XMakemol (nongnu.org/xmakemol/, paquete xmakemol): ‘visualizador molecular’.

  

  • RasMol (rasmol.org, paquete rasmol): ‘visualizador molecular’ orientado a macromoléculas orgánicas.